美国纽约的闹市街头，野猫“猫老大”比格韦格和他的朋友们整日游手好闲，混吃混喝，虽然时常受到警察以及恶犬的威胁，但是自由自在，逍遥无比。警员中贝罗警官是猫老大他们唯一的朋友，“警匪”双方相安无事，直到某天，猫老大为了从某王公手中骗取红宝石而大闹音乐会，令贝罗警官非常懊恼。与此同时，警局出现人事变动，前任警长卸职，其义子——长相丑陋、人品恶劣却自号“英俊”的家伙接任警长之职。他极端崇拜科技，上任当天便遣退了除贝罗外的所有警员，大肆任用机器警察，在城市各个角落安装监控，而与之有过节的猫老大一伙也成了他的眼中钉。 在卢英俊的设计下，猫老大成为了一名无恶不作的罪犯……
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
