故事发生在上世纪的80年代。著名的植物学家在一个岛上培育研究植物，他的性格严厉保守，与女儿陈安（李小冉 饰）相依为命。这天，混血女子李明（米兰妮?詹姆帕诺米 Mylène Jampano? 饰）前来岛上实习，她父母在唐山地震中双双亡故。陈安于李明朝夕相处，二人暗结断背情愫，感情日渐深厚难分。 陈安哥哥在西藏当兵，探亲归来，喜欢上了李明，父亲大力撮合婚事。此时陈安与李明已经互许终生，升华为情欲和爱欲交织的感情。为了二人可以相伴终生，李明决定答应这头婚事。然而，哥哥终究发现李明不是处女的秘密，怒不可遏，把李明打伤。李明逃回植物园，这时父亲才觉察到了李明与女儿之间的不寻常关系。一场悲剧正在慢慢上演。
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
