太平洋上的新几内亚岛坐落在赤道之上，紧挨着色彩斑斓的珊瑚礁，锋利的水下悬崖深至1000米。期待已久的探险即将展开，日本放送协会（简称NHK）将与著名的海洋生物学家，印尼腔棘鱼的发现者马克·厄德曼联手，潜入这鲜为人知的热带海洋深处。世界上首次成功拍摄到巨型鱿鱼在其自然栖息地游动的球形透明潜艇，将作为此次相继邂逅真正活化石物种的工具。在他们的最后一次潜水活动中，在这深海悬崖最黑暗的深处洞穴里，我们的团队将邂逅一种巨大的、未知的热带鱼……
故事发生在江湖时代。孤儿阿飞（刘德华 饰）传说自小由鱼群抚养长大，因此身手不凡。不过阿飞却对功名不感兴趣，在渔村过着逍遥自在的生活。一次偶然机会，阿飞结识了前朝遗民燕十三（钟镇涛 饰），两日成立莫逆之交。为了帮助燕十三与兰陵国君一起从十四太子手中夺回王位，阿飞前往兰陵国救出了兰陵国君及其女月牙儿（梅艳芳 饰）。阿飞与月牙儿在逃亡过程中互生情愫，但月牙儿早已与燕十三订下婚约，阿飞只能黯然离开了他们。趁阿飞离开，十四太子调遣部队包围了燕十三他们，情况危在旦夕。
