明朝大将军贺英利用时空金球终于重返明朝，与锦衣卫兄弟萨獒获悉了倭寇和朝廷奸党之间足以倾覆皇权的密谋，绵延400年的惊天危机一触即发。贺英也在红颜知己小美的帮助下开始了抗倭锄奸和保护族人的战斗。
间指向了2030年，自从爆发第四次世界大战以来，各国的政治力量发生了根本性的变化，由于战乱不断，激增的难民终于获准进入日本，以填补因经济不断发展造成的劳动力短缺。而就在此时，一个自称“个别的十一人”的恐怖组织展开了一系列极端袭击事件，难民营、外国领事馆、甚至是总理都遭到了恐怖袭击…… 难民抵抗运动的新领导人，同时也是“个别的十一人”的神秘前成员到底是谁？九课所掌握的众多线索也渐渐揭露了令人震惊的事实，在各种恐怖活动和突发事件的背后，有一人在阴影中操作着一切，他们策划的内幕是什么？九课能化解困境，并避免灾难性的内战吗？
