电影发生在电视剧大结局7年后。在电视剧最终回中，哲雄藏在山中的尸体因山体滑坡而被发现。警察断定这是一起凶杀案，成为刑警被分配到警视厅搜查一课的爱女零花，开始向哲雄投以疑惑的目光。另一方面，洼等半堕落犯罪组织再次将目标锁定在哲雄身上并开始行动。并且，曾经掉进哲雄的陷阱，被诬陷并过着逃亡生活的恭一也再次出现了。“杀人犯的父亲”vs.“警察的女儿”vs.“半堕落犯罪组织”，继电视剧的大危机之后，电影中更加陷入绝境。为了守护深爱的家人，父亲的最后一战拉开了帷幕。
这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 但人，神，魔三族共同战斗 作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 二千年以后，世界始终和平安宁 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 某一天 一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 世界的均衡渐渐被打破 当巴哈姆特再次发出吼声之时 世界再次落入绝望的深渊 世界啊，毁灭吧！ 某个声音如此肯求着
