宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。
古老的日本进入江户时代，德川幕府闭关锁国，维持着与世隔绝的和平和将军家的绝对统治。五代将军纲吉（田川洋行 饰）在吉良上野介（浅野忠信 饰）的陪同下造访浅野内匠头（田中泯 饰）所领导的播州赤穗藩。吉良阴险狭隘，野心勃勃，他利用妖女美月（菊地凛子 饰）迷惑浅野藩主，令其对吉良挥刀相向。震怒的将军责令浅野切腹，并严禁赤穗藩的家老大石内藏助（真田广之 饰）挟私报复。高傲的武士们一瞬间沦为浪人，而藩主自由收养的混血儿魁（基努·李维斯 Keanu Reeves 饰）更遭到不公的对待。经过一段时间的忍辱负重，大石将四十六位忠勇的赤穗藩武士集结麾下，暗中展开针对吉良的复仇。他辗转找到了魁，自幼爱慕藩主女儿美伽（柴崎幸 饰）的魁，为了防止心上人被吉良玷污，选择加入了复仇集团。 四十七浪人的经典故事，以别样的形式呈现出来……
